永野 惇 講師

龍谷大学農学部 / JST さきがけ京都大学生態学研究センター

 

Q1. ソフトウェア導入のきっかけを教えてください。

A1. 以前に我々のグループで作成したプログラムをさらに高速化する必要に迫られたのですが、人員に余裕が無かったためお願いすることにしました。

Q2. 導入されて如何でしょうか?

A2. はじめは単純なコードのリファクタリングや移植をお願い出来ればいいかな、程度に考えていました。
しかしながら、実際にはアルゴリズムまで踏み込んで丁寧に検討していただき、おかげで期待をはるかに超えるものが得られました。
速度だけでなく、使い勝手も良く大変満足しています。
現在、さらなる改良のために追加で開発をお願いしています。

Q3. 先生の研究内容をごく簡単にご紹介いただけますでしょうか?

A3. 我々の研究室では、複雑に変動する野外環境下での生物の応答を、分子レベルから理解し、予測し、制御することを目指しています。
実環境下での振る舞いは、その取り扱いにくさから、これまで分子生物学では扱われてきませんでした。
しかしながら、生物の真の姿を知り、応用するためには実環境下での振る舞いの理解が不可欠です。
そこで、独自に多検体化した網羅的計測手法(主としてゲノミクス、トランスクリプトミクス)、先端的な情報科学的手法、
気象データとの統合解析、3Dプリンタのようなパーソナルファブリケーションなど、様々な技術をとりいれて研究しています。

 Q4. 導入したソフトウェアは、その研究にどのように役立つことが期待されますでしょうか?

A4. 気象データと遺伝子発現データの間の関係を統計モデリングで解析するためのソフトウェアを改良していただきました。
改良版では速度が大きく向上しただけでなく、使い勝手も良くなりました。
開発していただいたソフトウェアは、今後、様々な生物が野外の環境をどのように感じているかを明らかにするためにとても役立つと期待しています。