2015年5月17日

LPixel ImageJ Plugins


 

 

This is a collection of miscellaneous plugins for ImageJ, formerly known as KBI ImageJ Plugins.

 

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Menu  Description 説明
Clustering plugins for clustering ( k-means, mean-shift, SOM, spectral clustering, etc.) クラスタリング関係の処理をまとめたプラグイン。 k-means, mean-shift, SOM, スペクトラルクラスタリングなど。
Color plugins for color space conversion, color histograms, convert greyscale 色彩関係の処理をまとめたプラグイン。色空間の変換、色ヒストグラムの作成、グレイスケール化など。
Convolv plugins for convolution for 2D or 3D images コンボリューション関係の処理をまとめたプラグイン。2次元と3次元の画像に対応。
CorrMap plugins for correlation diagram for images or frames 画像間・フレーム間の相関マップの作成に関するプラグイン。
Correspond plugins to estimate congruent points between 2D-images. 2次元画像間の対応点の推定に関するプラグイン。
DispRange plugins for automatic contrast-brightness control 表示上のコントラスト自動調整に関するプラグイン。
DynProf plugins to make kymograph, luminance distribution, luminance histogram kymograph、輝度プロファイル、輝度ヒストグラムなどをまとめたプラグイン。
Features plugins for feature extraction from 2D-gray-scale images and its ROI 2次元濃淡画像やその中の ROI からの特徴抽出に関するプラグイン。
Filter1d plugins for image processing to 1D table coordinate 1方向(X or Y or Z)の画素列に対する画像処理をまとめたプラグイン。
Filter2d plugins for image processing to 2D images (antinoise measures, binarization, etc. ) 2次元平面に対する画像処理をまとめたプラグイン。ノイズ抑制、2値化など。
FilterPt plugins for image processing to each pixels ( time-gamma curve, etc.) 各画素で独立した画像処理をまとめたプラグイン。ガンマカーブの適用など。
Flow plugins for optical flow to sequential grey scale image 時系列濃淡画像に対するオプティカルフローを実施するプラグイン。
IjTool plugins for each project ImageJ 向けのツールをまとめたプラグイン。
LinesAngle plugins quantify length of line, angle, etc. 2次元線分画像からの線長、角度などの定量化プラグイン。
Measure plugins for shape measurement to blobs in 2D images 2次元2値画像中のブロブ群に対する形状測定などをまとめたプラグイン。
Pad plugins for padding process to 2D or 3D images 2、3次元画像に対するパディング処理をまとめたプラグイン。
Peak plugins to extract brightness peak from 2D gray scale images 2次元濃淡画像からの輝度ピークの抽出処理をまとめたプラグイン。
Ptv plugins for the processing speed from particle‐tracking 粒子追跡による速度測定処理をまとめたプラグイン。
RangeEffect plugins for image processing in a parameter range 指定したパラメタ範囲内で各種画像処理を実施するプラグイン。
Registration plugins for images registration 位置合わせ処理をまとめたプラグイン。
RoiUtil plugins for image processing to ROI ROI (region of interest; 関心領域) の取扱をまとめたプラグイン。
Stics plugins for image processing to spatial-temporal image correlation spectrum spatial-temporal image correlation spectrum (時空間画像相関スペクトル) に関する処理をまとめたプラグイン。
StkFilter plugins for image processing to stack images ( xyz or time series) スタック画像(XYZ画像もしくは時系列画像)に対する画像処理をまとめたプラグイン。
StkJoin plugins for join processing to windows 画像ウインドウの結合処理をまとめたプラグイン。
SwapAxis plugins for swapping x-y-z axis in a image 画像のX、Y、Z軸の転置を行うプラグイン。
 ・・・

 

Supported System

 

Installation

  1. Copy the downloaded JAR file (lpx_ij_plugins_….jar) to the plugins folder of ImageJ.
  2. Start ImageJ or [Help -> Refresh Menus] if ImageJ is already running.
  3. LPX ImageJ plugins appered as [Plugins -> LPX -> …] .

 

Upgrade

  1. Quit ImageJ.
  2. Delete old version of this plugins JAR file (lpx_ij_plugins_….jar) in the plugin folder of ImageJ.
  3. Copy the downloaded JAR file (lpx_ij_plugins_….jar) to the plugins folder of ImageJ.
  4. Start ImageJ.
  5. LPX ImageJ plugins appeared as [Plugins -> LPX -> …]

 

References of each plugins

  • Plugins
    • Lpx Filter2d -> filter=lineFilters__ -> lineMode=lineByMdnms__ (Sun and Vallotton 2009)
    • Lpx Filter2d -> filter=lineFilters__ -> lineMode=lineByRotWs__ (Chiba et al. 2014, Kimori et al. 2010)
    • Lpx Filter2d -> filter=lineFilters__ -> lineMode=lineExtract__ (Ueda et al. 2010)
    • Lpx Filter2d -> filter=morpho__ -> morphoOp=rmp* (Kimori et al. 2010)
    • Lpx Flow (Ueda et al. 2010)
  • References
    • Chiba K, Shimada Y, Kinjo M, Suzuki T, Uchida S (2014) Traffic 15: 1-11.
    • Kimori Y, Baba N, Morone N (2010) BMC Bioinfo 11: 373.
    • Ueda H, Yokota E, Kutsuna N, Shimada T, Tamura K, Shimmen T, Hasezawa S, Dolja VV, Hara-Nishimura I (2010) Proc Natl Acad Sci USA 107: 6984-6899.
    • Sun C, Vallotton P (2009) J Microsc 234: 147-157.

 

Author

  • Natsumaro Kutsuna (LPixel Inc., Hasezawa Lab in Univ of Tokyo)

 

 

Acknowledgement

  • Revision 76 (2007-09-18) – 882 (2010-10-03) had been supported by BIRD of Japan Science and Technology Agency (JST).
  • Revision 883 (2010-10-03) – 1306 (2014-03-29) have been supported by `Development of Systems and Technology for Advanced Measurement and Analysis of Japan Science and Technology Agency (JST)
  • Revision 1057 (2012-04-20) – 1383 (2015-03-31) have been supported by JSPS KAKENHI (No. 24770038).
  • Revision 1194 (2013-05-09) – 1383 (2015-03-31) have been supported by a Grant-in-Aid for Scientific Research on Innovative Areas (No. 23119505) from the Ministry of Education, Culture, Sports, Science and Technology of Japan.

 

Contact

https://lpixel.net/contact