LPIXEL ImageJ Plugins
ライフサイエンス領域では、画像データのオーバーフローが起きています。この状況を、
画像解析技術で解決する。ライフサイエンスと画像解析、双方に強みを持った私たち
LPIXELだからこそできるソリューションです。
DOWNLOAD
ダウンロード
依存ライブラリを同梱
ほとんどの
ImageJユーザーにおすすめ
依存ライブラリを除く
依存ライブラリを含んでいるため、
ImageJユーザーにおすすめ
ImageJのPluginフォルダに格納することで動作します。
Scalaランタイムライブラリのインストールが必要です。
また、LPixel ImageJ Pluginsには以下のライブラリが必要です。
ANALYZE MENU
機能
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- Clustering
- クラスタリング関係の処理をまとめたプラグイン。 k-means, mean-shift, SOM, スペクトラルクラスタリングなど。
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- Color
- 色彩関係の処理をまとめたプラグイン。色空間の変換、色ヒストグラムの作成、グレイスケール化など。
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- Convolv
- コンボリューション関係の処理をまとめたプラグイン。2次元と3次元の画像に対応。
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- CorrMap
- 画像間・フレーム間の相関マップの作成に関するプラグイン。
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- Correspond
- 2次元画像間の対応点の推定に関するプラグイン。
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- DispRange
- 表示上のコントラスト自動調整に関するプラグイン。
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- DynProf
- kymograph、輝度プロファイル、輝度ヒストグラムなどをまとめたプラグイン。
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- Features
- 2次元濃淡画像やその中の ROI からの特徴抽出に関するプラグイン。
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- Filter1d
- 1方向(X or Y or Z)の画素列に対する画像処理をまとめたプラグイン。
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- Filter2d
- 2次元平面に対する画像処理をまとめたプラグイン。ノイズ抑制、2値化など。
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- FilterPt
- 各画素で独立した画像処理をまとめたプラグイン。ガンマカーブの適用など。
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- Flow
- 時系列濃淡画像に対するオプティカルフローを実施するプラグイン。
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- IjTool
- ImageJ 向けのツールをまとめたプラグイン。
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- LinesAngle
- 2次元線分画像からの線長、角度などの定量化プラグイン。
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- Measure
- 2次元2値画像中のブロブ群に対する形状測定などをまとめたプラグイン。
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- Pad
- 2、3次元画像に対するパディング処理をまとめたプラグイン。
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- Peak
- 2次元濃淡画像からの輝度ピークの抽出処理をまとめたプラグイン。
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- Ptv
- 粒子追跡による速度測定処理をまとめたプラグイン。
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- RangeEffect
- 指定したパラメタ範囲内で各種画像処理を実施するプラグイン。
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- Registration
- 位置合わせ処理をまとめたプラグイン。
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- RoiUtil
- ROI (region of interest; 関心領域) の取扱をまとめたプラグイン。
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- Stics
- spatial-temporal image correlation spectrum (時空間画像相関スペクトル) に関する処理をまとめたプラグイン。
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- StkFilter
- スタック画像(XYZ画像もしくは時系列画像)に対する画像処理をまとめたプラグイン。
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- SwapAxis
- 画像のX、Y、Z軸の転置を行うプラグイン。
- サポートするシステム
- ・ImageJ 1.48以降 http://rsbweb.nih.gov/ij/download.html
- ・Fiji: http://fiji.sc/Fiji
- インストール
- 1.ダウンロードしたJARファイル (lpx_ij_plugins_….jar) をImageJ pluginsフォルダへコピーしてください。
- 2.ImageJを起動するか、起動中であれば[Help -> Refresh Menus] にて自動的に読み込まれます。
- 3.LPixel ImageJ pluginsは [Plugins -> LPX -> …] からご利用ください。
- アップグレード
- 1.ImageJを終了させ、ImageJ pluiginsフォルダ内にある古いJARファイル(lpx_ij_plugins_….jar) を削除してください。
- 2.ダウンロードした最新のJARファイル (lpx_ij_plugins_….jar) をImageJ pluiginsフォルダへコピーし、ImageJを起動すると自動的に読み込まれます。
- 3.LPixel ImageJ pluginsは [Plugins -> LPX -> …] からご利用ください。
- 開発者
- 朽名 夏麿 (エルピクセル株式会社・東京大学 馳澤研究室)
- References of each plugins
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- Plugins
- ・Lpx Filter2d -> filter=lineFilters__ -> lineMode=lineByMdnms__ (Sun and Vallotton 2009)
- ・Lpx Filter2d -> filter=lineFilters__ -> lineMode=lineByRotWs__ (Chiba et al. 2014, Kimori et al. 2010)
- ・Lpx Filter2d -> filter=lineFilters__ -> lineMode=lineExtract__ (Ueda et al. 2010)
- ・Lpx Filter2d -> filter=morpho__ -> morphoOp=rmp* (Kimori et al. 2010)
- ・Lpx Flow (Ueda et al. 2010)
- References
- ・Chiba K, Shimada Y, Kinjo M, Suzuki T, Uchida S (2014) Traffic 15: 1-11.
- ・Kimori Y, Baba N, Morone N (2010) BMC Bioinfo 11: 373.
- ・Ueda H, Yokota E, Kutsuna N, Shimada T, Tamura K, Shimmen T, Hasezawa S, Dolja VV, Hara- Nishimura I (2010) Proc Natl Acad Sci USA 107: 6984-6899.
- ・Sun C, Vallotton P (2009) J Microsc 234: 147-157.
- 謝辞
- ・Revision 76 (2007-09-18) – 882 (2010-10-03) had been supported by BIRD of Japan Science and Technology Agency (JST).
- ・Revision 883 (2010-10-03) – 1306 (2014-03-29) have been supported by `Development of Systems and Technology for Advanced Measurement and Analysis of Japan Science and Technology Agency (JST)
- ・Revision 1057 (2012-04-20) – 1383 (2015-03-31) have been supported by JSPS KAKENHI (No. 24770038).
- ・Revision 1194 (2013-05-09) – 1383 (2015-03-31) have been supported by a Grant-in-Aid for Scientific Research on Innovative Areas (No. 23119505) from the Ministry of Education, Culture, Sports, Science and Technology of Japan.
