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LPIXEL ImageJ Plugins

ライフサイエンス領域では、画像データのオーバーフローが起きています。この状況を、
画像解析技術で解決する。ライフサイエンスと画像解析、双方に強みを持った私たち
LPIXELだからこそできるソリューションです。

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ダウンロード

依存ライブラリを同梱

ほとんどの
ImageJユーザーにおすすめ

依存ライブラリを除く

依存ライブラリを含んでいるため、
ImageJユーザーにおすすめ

ImageJのPluginフォルダに格納することで動作します。
Scalaランタイムライブラリのインストールが必要です。
また、LPixel ImageJ Pluginsには以下のライブラリが必要です。

ANALYZE MENU

機能

  • Clustering
    クラスタリング関係の処理をまとめたプラグイン。 k-means, mean-shift, SOM, スペクトラルクラスタリングなど。
  • Color
    色彩関係の処理をまとめたプラグイン。色空間の変換、色ヒストグラムの作成、グレイスケール化など。
  • Convolv
    コンボリューション関係の処理をまとめたプラグイン。2次元と3次元の画像に対応。
  • CorrMap
    画像間・フレーム間の相関マップの作成に関するプラグイン。
  • Correspond
    2次元画像間の対応点の推定に関するプラグイン。
  • DispRange
    表示上のコントラスト自動調整に関するプラグイン。
  • DynProf
    kymograph、輝度プロファイル、輝度ヒストグラムなどをまとめたプラグイン。
  • Features
    2次元濃淡画像やその中の ROI からの特徴抽出に関するプラグイン。
  • Filter1d
    1方向(X or Y or Z)の画素列に対する画像処理をまとめたプラグイン。
  • Filter2d
    2次元平面に対する画像処理をまとめたプラグイン。ノイズ抑制、2値化など。
  • FilterPt
    各画素で独立した画像処理をまとめたプラグイン。ガンマカーブの適用など。
  • Flow
    時系列濃淡画像に対するオプティカルフローを実施するプラグイン。
  • IjTool
    ImageJ 向けのツールをまとめたプラグイン。
  • LinesAngle
    2次元線分画像からの線長、角度などの定量化プラグイン。
  • Measure
    2次元2値画像中のブロブ群に対する形状測定などをまとめたプラグイン。
  • Pad
    2、3次元画像に対するパディング処理をまとめたプラグイン。
  • Peak
    2次元濃淡画像からの輝度ピークの抽出処理をまとめたプラグイン。
  • Ptv
    粒子追跡による速度測定処理をまとめたプラグイン。
  • RangeEffect
    指定したパラメタ範囲内で各種画像処理を実施するプラグイン。
  • Registration
    位置合わせ処理をまとめたプラグイン。
  • RoiUtil
    ROI (region of interest; 関心領域) の取扱をまとめたプラグイン。
  • Stics
    spatial-temporal image correlation spectrum (時空間画像相関スペクトル) に関する処理をまとめたプラグイン。
  • StkFilter
    スタック画像(XYZ画像もしくは時系列画像)に対する画像処理をまとめたプラグイン。
  • SwapAxis
    画像のX、Y、Z軸の転置を行うプラグイン。
サポートするシステム
・ImageJ 1.48以降 http://rsbweb.nih.gov/ij/download.html
・Fiji: http://fiji.sc/Fiji
インストール
1.ダウンロードしたJARファイル (lpx_ij_plugins_….jar) をImageJ pluginsフォルダへコピーしてください。
2.ImageJを起動するか、起動中であれば[Help -> Refresh Menus] にて自動的に読み込まれます。
3.LPixel ImageJ pluginsは [Plugins -> LPX -> …] からご利用ください。
アップグレード
1.ImageJを終了させ、ImageJ pluiginsフォルダ内にある古いJARファイル(lpx_ij_plugins_….jar) を削除してください。
2.ダウンロードした最新のJARファイル (lpx_ij_plugins_….jar) をImageJ pluiginsフォルダへコピーし、ImageJを起動すると自動的に読み込まれます。
3.LPixel ImageJ pluginsは [Plugins -> LPX -> …] からご利用ください。
開発者
朽名 夏麿 (エルピクセル株式会社・東京大学 馳澤研究室)
References of each plugins
Plugins
・Lpx Filter2d -> filter=lineFilters__ -> lineMode=lineByMdnms__ (Sun and Vallotton 2009)
・Lpx Filter2d -> filter=lineFilters__ -> lineMode=lineByRotWs__ (Chiba et al. 2014, Kimori et al. 2010)
・Lpx Filter2d -> filter=lineFilters__ -> lineMode=lineExtract__ (Ueda et al. 2010)
・Lpx Filter2d -> filter=morpho__ -> morphoOp=rmp* (Kimori et al. 2010)
・Lpx Flow (Ueda et al. 2010)
References
・Chiba K, Shimada Y, Kinjo M, Suzuki T, Uchida S (2014) Traffic 15: 1-11.
・Kimori Y, Baba N, Morone N (2010) BMC Bioinfo 11: 373.
・Ueda H, Yokota E, Kutsuna N, Shimada T, Tamura K, Shimmen T, Hasezawa S, Dolja VV, Hara- Nishimura I (2010) Proc Natl Acad Sci USA 107: 6984-6899.
・Sun C, Vallotton P (2009) J Microsc 234: 147-157.
謝辞
・Revision 76 (2007-09-18) – 882 (2010-10-03) had been supported by BIRD of Japan Science and Technology Agency (JST).
・Revision 883 (2010-10-03) – 1306 (2014-03-29) have been supported by `Development of Systems and Technology for Advanced Measurement and Analysis of Japan Science and Technology Agency (JST)
・Revision 1057 (2012-04-20) – 1383 (2015-03-31) have been supported by JSPS KAKENHI (No. 24770038).
・Revision 1194 (2013-05-09) – 1383 (2015-03-31) have been supported by a Grant-in-Aid for Scientific Research on Innovative Areas (No. 23119505) from the Ministry of Education, Culture, Sports, Science and Technology of Japan.

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