TECHNOLOGY技術紹介

LPixelは、ライフサイエンス研究領域の画像解析ソフトウェア・システムの研究開発に強みを持つ東京大学発のベンチャー企業です。当社独自の画像解析に関する知識と経験を活かし、自己発信型の研究者支援アプリケーションを提案しています。

応用分野

  • 基礎生物学
    • 細胞学: 動植物の細胞や組織の顕微鏡画像データ全般(光学,蛍光,電子顕微鏡)
    • 細胞骨格系のシミュレーション
    • 遺伝学,バイオインフォマティクス:: 塩基配列のデータベース検索の自動化
  • 製薬、薬学
    • ケミカルスクリーニング,リード化学物質評価,毒性評価
  • 農業、農学、植物工場
    • カメラ・スキャナ画像からの耐病性や形態形質(葉,茎,根)の定量化
  • 脳・行動科学
    • アルツハイマー研究,神経伝達,マウスの追跡と体表温度変化
  • 物性科学
    • 合金材料の走査電顕像の解析
  • 医学
    • 脳動脈瘤、病理画像の解析、がん細胞の種別の判定

技術シーズ

  • 細胞の立体形状の解析
    立体再構築,輝度分布解析,可視化,体積・表面積の定量
  • 細胞内構造の動きの解析
    膜系,細胞骨格,染色体,小胞体,エンドソーム
  • 繊維状構造の抽出と定量
    細胞骨格系・細胞壁の密度,配向角度,平行度
  • 膜状構造の抽出と定量
    細胞膜・液胞膜の輝度解析
  • DNA/RNA シーケンス情報の解析
    データベース上での網羅的探索
  • 脳組織の解析
    老人斑(アルツハイマー病患者に見られる組織学的構造)の定量解析
    神経伝達過程の解析(代表波形の取得,組織の自動領域分割)
  • 自動撮影,自動結合
    電子顕微鏡の自動制御によるオーバーナイト撮影,数万枚の自動結合
  • 自動分類,自動探索
    ガン組織 MRI データ,細胞周期,網膜組織
  • 形状,分布,局在,共局在の解析
    果実や葉の耐病性評価,生長解析,オルガネラの細胞内分布 他

論文発表

  • 朽名夏麿, 馳澤盛一郎 (2017) 定量的画像解析により、細胞の中身を知る. 生体の科学 68: 468-469.
  • Soga K, Yamazaki C, Kamada M, Tanigawa N, Kasahara H, Yano S, Kojo Kei H, Kutsuna N, Kato T, Hashimoto T, Kotake T, Wakabayashi K, Hoson T (2017) Modification of growth anisotropy and cortical microtubule dynamics in Arabidopsis hypocotyls grown under microgravity conditions in space. Phyiol Plant. DOI: 10.1111/ppl.12640
  • Jiang Y, Lei C, Yasumoto A, Kobayashi H, Aisaka Y, Ito T, Guo B, Nitta N, Kutsuna N, Ozeki Y, Nakagawa A, Yatomi Y, Goda K (2017) Label-free detection of aggregated platelets in blood by machine-learning-aided optofluidic time-stretch microscopy. Lab on a Chip 17: 2426-2434.
  • 河野淳, 朽名夏麿, 尾上典之, 伴雄介, 佐藤明彦 (2017) ブドウ挿し木苗および幼苗へのブドウ黒とう病菌噴霧接種による抵抗性評価法の開発. 園芸学研究  16: 391-400.
  • Iwayama K, Aisaka Y, Kutsuna N, Nagano AJ (2017) FIT: statistical modeling tool for transcriptome dynamics under fluctuating field conditions. Bioinformatics. 33: 1672-1680.
  • Akita K, Kobayashi M, Sato M, Kutsuna N, Ueda T, Toyooka K, Nagata N, Hasezawa S, Higaki T (2017) Cell wall accumulation of fluorescent proteins derived from a trans-Golgi cisternal membrane marker and paramural bodies in interdigitated Arabidopsis leaf epidermal cells. Protoplasma 254: 367-377.
  • Higaki T, Takigawa-Imamura H, Akita K, Kutsuna N, Kobayashi R, Hasezawa S, Miura T (2017) Exogenous cellulase switches cell interdigitation to cell elongation in a RIC1-dependent manner in Arabidopsis thaliana cotyledon pavement cells. Plant Cell Physiology 58(1): 106-119.
  • Nagata K, Hashimoto C, Watanabe-Asaka T, Itoh K, Yasuda T, Ohta K, Oonishi H, Igarashi K, Suzuki M, Funayama T, Kobayashi Y, Nishimaki T, Katsumura T, Oota H, Ogawa M, Oga A, Ikemoto K, Itoh H, Kutsuna N, Oda S, Mitani H (2016) In vivo 3D analysis of systemic effects after local heavy-ion beam irradiation in an animal model. Scientific Reports 6: 28691.
  • Shimahara Y, Kutsuna N (2016) Detection of image manipulation and plagiarism in life science research. Editorial Office News (The official publication of the International Society of Managing and Technical Editors) 9: 16-19
  • 朽名夏麿 (2016) 公開プラグインを用いた画像解析: LPX プラグイン集 in “ImageJ ではじめる生物画像解析” (三浦耕太, 塚田佑基 編著) 学研メディカル秀潤社 129-203.
  • Nagashima T, Oami E, Kutsuna N, Ishiura S, Suo S (2016) Dopamine regulates body size in Caenorhabditis elegans. Dev Biol. 412: 128-138.
  • Akita K, Kobayashi M, Sato M, Kutsuna N, Ueda T, Toyooka K, Nagata N, Hasezawa S, Higaki T (2016) Cell wall accumulation of fluorescent proteins derived from a trans-Golgi cisternal membrane marker and paramural bodies in interdigitated Arabidopsis leaf epidermal cells. Protoplasma DOI 10.1007/s00709-016-0955-1 1-11.
  • Higaki T, Kutsuna N, Akita K, Takigawa-Imamura H, Yoshimura K, Miura T (2016) A theoretical model of jigsaw-puzzle pattern formation by plant leaf epidermal cells. PLOS Computational Biology 12(4): e1004833.
  • 朽名夏麿 (2015) バイオ画像自動分類ソフトウェア CARTA の開発. 生物工学会誌 93: 760-761.
  • 朽名夏麿, 島原佑基 (2015) 生命科学研究における画像不正の検出 – LP-exam シリーズの開発と展開 -. 画像ラボ 26: 33-38.
  • 朽名夏麿 (2015) バイオイメージング分野における画像の自動分類. Medical Imaging Technology 33: 105-111.
  • Takahashi S, Kojo KH, Kutsuna N, Endo M, Toki S, Isoda H, Hasezawa S (2015) Differential responses to high- and low-dose ultraviolet-B stress in tobacco Bright Yellow-2 cells. Frontiers in Plant Science 6: 254.
  • Fujiwara T, Kawachi M, Sato Y, Mori H, Kutsuna N, Hasezawa S, Maeshima M (2015) A high molecular mass zinc transporter MTP12 forms a functional heteromeric complex with MTP5 in the Golgi in Arabidopsis thaliana. FEBS J 282: 1965-1979.
  • Akita K, Higaki T, Kutsuna N, Hasezawa S (2015) Quantitative analysis of microtubule orientation in interdigitated leaf pavement cells. Plant Signal Behav 10: e1024396.
  • Higaki T, Kutsuna N, Akita K, Sato M, Sawaki F, Kobayashi M, Nagata N, Toyooka K, Hasezawa S (2015) Semi-automatic organelle delection on transmission electon microscopic images. Sci Rep 5: 7794.
  • 朽名 夏麿,長谷川 淳子, 松永幸大 (2014) 植物細胞のオルガネラのライブイメージングと画像解析.植物の生長調節誌(植物化学調節学会学会誌) 49: 104-111.
  • 朽名 夏麿 (2014) 生物画像解析 — その植物科学研究への関わり — . Perceptive Plants NEWS LETTER 2014年8号 12-16.

学会発表

  • 曽我康一, 山崎千秋, 鎌田源司, 谷川直樹, 笠原春夫, 矢野幸子, 湖城恵, 朽名夏麿, 加藤壮英, 橋本隆, 小竹敬久, 若林和幸, 保尊隆享 (2017) 宇宙の微小重力環境におけるシロイヌナズナ胚軸の成長と表層微小管動態 – Aniso Tubule 宇宙実験. 日本植物学会第81回大会
  • 朽名夏麿 (2017) 人工知能を活用したクラウド型画像解析プラットフォーム IMACEL. 日本植物学会第81回大会
  • 島原佑基, 湖城恵, 馳澤盛一郎, 朽名夏麿 (2017) 生物画像自動分類を用いたシロイヌナズナ色素体におけるストロミュールの検出. 日本植物学会第81回大会
  • 安本篤史, Yiyue Jiang, Cheng Lei, 相坂有理, 伊藤卓朗, Baoshan Guo, 小林博文, 新田尚, 朽名夏麿, 小関泰之, 中川敦寛, 合田圭介, 矢冨裕 (2017) 非標識リアルタイムイメージング装置を用いた血小板凝集塊の検出法の確立. 第39回日本血栓止血学会学術集会
  • 桧垣匠, 今村(滝川)寿子, 秋田佳恵, 朽名夏麿, 三浦岳, 馳澤盛一郎 (2017) 子葉表皮細胞壁の湾曲における微小管結合タンパク質RIC1の役割: 細胞形態計測と力学モデルによる解析. 第58回日本植物生理学会年会
  • 朽名夏麿 (2017) 生物画像の自動評価工程をハイスループット化する能動学習技術 CARTA. 定量生物学の会 第8回年会
  • 三浦岳, 桧垣匠, 朽名夏麿, 秋田佳恵, 今村(滝川)寿子, 吉村賢二 (2016) 植物表皮細胞の湾曲構造形成のメカニズム. 第39回日本分子生物学会年会
  • 阿部高也, 朽名夏麿, 清成寛, 古田泰秀, 藤森 俊彦 (2016) 着床後マウス胚における細胞系譜解析. 第39回日本分子生物学会年会
  • Abe T,Kutsuna N, Kiyonari H,Furuta Y, Fujimori T (2016) マウス着床後初期胚における細胞系譜解析. 日本発生生物学会大会 秋季シンポジウム2016
  • 朽名夏麿 (2016) Radiomics 入門: 機械学習の基礎. 第44回 日本磁気共鳴医学会大会
  • Miura T, Higaki T, Akita K, Kutsuna N, Takigawa-Imamura H (2016) Mechanism of jigsaw-puzzle pattern formation in plant leaf epidermal cell: modeling single cell shape by interface equation and convolution kernel. The 2016 (26th) annual meeting of the Japanese Society for Mathematical Biology
  • 高田直樹, 谷口亨, 朽名夏麿 (2016) ポプラにおいて表層微小管の空間構造を制御する転写因子の機能解析. 第66回日本木材学会大会
  • 朽名夏麿 (2016) 生物・医用画像の自動評価のための能動的機械学習法 CARTA. 第20回 NMR マイクロイメージング研究会
  • 高田直樹, 谷口亨, 朽名夏麿 (2016) ポプラにおいて表層微小管の空間構造を制御する転写因子の機能解析. 第66会日本木材学会大会
  • 澤木史江, 小林恵, 盛一伸子, 佐藤繭子, 朽名夏麿, 豊岡公徳, 永田典子 (2015) 広域TEM像取得法を用いたシロイヌナズナ茎頂における気温変化に伴うオルガネラ異常の解析. 日本植物学会第79回大会
  • 楠瀬祥子, 小林恵, 澤木史江, 佐藤繭子, 桧垣匠, 朽名夏麿, 豊岡公徳, 永田典子 (2015) 暗所発芽シロイヌナズナ子葉におけるエチオプラストから葉緑体に至る色素体形態変化. 日本植物学会第79回大会
  • 桧垣匠, 今村寿子, 秋田佳恵, 朽名夏麿, 馳澤盛一郎, 三浦岳 (2015) シロイヌナズナ葉表皮細胞における細胞壁湾曲機構の解析. 日本植物学会第79回大会
  • 佐野行己, 朽名夏麿, 馳澤盛一郎 (2015) BY-2細胞における表層微小管配向再形成過程の画像定量解析. 日本植物学会第79回大会
  • 朽名夏麿, 馳澤盛一郎 (2015) 顕微鏡画像群の網羅的解析のためのクラスタリング法の開発. 日本植物学会第79回大会
  • Kiminori Toyooka, Mayuko Sato, Mayumi Wakazaki, Kei Hashimoto, Megumi Kobayashi, Fumie Sawaki, Natsumaro Kutsuna, Noriko Nagata (2015) Construction of an Arabidopsis electron microscopy atlas. International Conference on Aabidopsis Research (ICAR)
  • Naoki Takata, Toru Taniguchi, Natsumaro Kutsuna (2015) Screening for regulatory factors that control a microtubule structure in hybrid aspen. Tree Biotechnology Conference 2015
  • 豊岡公徳, 佐藤繭子, 若崎眞由美, 橋本恵, 小林恵, 澤木史江, 朽名夏麿, 永田典子 (2015) 「シロイヌナズナ電顕アトラス」の構築. 日本顕微鏡学会 第71回学術講演会
  • 朽名夏麿, 馳澤盛一郎 (2015) ランダム森を用いた顕微鏡画像からのフェノーム解析システムの開発. 第56回日本植物生理学会年会
  • 元村一基, Quy Le Thi Nhat, 倉田哲也, 朽名夏麿, 真野昌二, 西村幹夫, 濱田隆宏, 渡邊雄一郎 (2015) RNA 分解酵素 DCP は選択的 RNA 代謝を通じて高温耐性に寄与する.第56回日本植物生理学会年会
  • 栗原(大窪)恵美子, 栗原志夫, 大谷美沙都, 朽名夏麿, 永田典子, 小林恵, 小松功典, 菊池淳, 掛川弘一, Ong WenDee, 出村拓, 松井南 (2015) Chemical phenomics for biomass engineering. 第56回日本植物生理学会年会
  • 豊岡公徳, 佐藤繭子, 若崎眞由美, 朽名夏麿, 永田典子, 松岡健 (2015) 対数増殖期および定常状態期におけるタバコ培養細胞内オルガネラの超微形態変化. 第56回日本植物生理学会年会
  • Nagata N, Kato A, Sawaki F, Kobayashi M, Sato M, Higaki T, Kutsuna N, Hasezawa S, Myouga F, Toyooka K (2014) Challenge to organellomics by the transmission electron microscopy.The 2nd International Symposium on Plant Environmental Sensing
  • 朽名夏麿 (2014) 植物科学研究者にとって画像解析とは何か.JST CREST・さきがけ「二酸化炭素資源化を目指した植物の物質生産力強化と生産物活用のための基盤技術の創出」研究領域ワークショップ データ科学の発展と植物科学との融合
  • 朽名夏麿, 川田亮太, 杉田(小西)左江子, 馳澤盛一郎 (2014) イネの生長過程を定量化するための多角的撮影と画像解析法の開発.日本植物学会第78回大会
  • 朽名夏麿, 川田亮太, 杉田(小西)左江子,馳澤盛一郎 (2014) 植物個体の立体情報の取得のための多角的撮影・再構成法の開発.日本植物形態学会第26回総会・大会